如果納稅人未能提供完整、真實的限售股原值憑證的，不能準確計算限售股原值的，主管稅務機關一律按限售股轉讓收入的15%核定限售股原值及合理稅費。
所便函[2010]5號第九條規定，在證券機構技術和制度準備完成前，對已經形成的限售股，以股改復牌日收盤價或上市首日收盤價，作為計算限售股轉讓收入的依據。同時，按照股改復牌日收盤價或上市首日收盤價的15%統一確定限售股的原值和合理稅費。登記結算公司以上述轉讓收入與原值和合理稅費，計算出現有限售股的應納稅所得額，按照20%的稅率計算應扣繳稅款，待限售股股東轉讓時，將轉讓股數和應扣繳稅款的信息發送給證券機構，由證券機構預扣預繳個人所得稅額。
納稅人按照實際轉讓收入和實際成本計算的應納稅額，如果與證券機構扣繳的稅額有差異的（實際轉讓收入、成本與收盤價、核定成本有差異），納稅人可以自證券機構解繳稅款的次月1日起的3個月內，向其開戶證券機構所在地主管稅務機關申請稅款清算。
需要強調的是，納稅人申請清算時，應按照收入與成本相匹配的原則計算應納稅所得額。即，限售股轉讓收入必須按照實際轉讓收入計算，限售股原值按照實際成本計算；如果納稅人未能提供完整、真實的限售股原值憑證，不能正確計算限售股原值的，主管稅務機關一律按限售股實際轉讓收入的15%核定限售股原值及合理稅費。
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